effectivement si tu es en alternance en contrat de professionnalisation, les heures faites dans les centres de formations doivent être payées. C'est aussi pour cela qu'en général tu es payé moins que le SMIC car tu n'es pas à 100% disponible pour l'employeur.
Ca c'est le principe pour tout contrat de professionnalisation, et je doute qu'il y ait une exception pour toi.